BBM Magazine Issue-Sayı: 61 February - Şubat 2023

BBM • FEBRUARY - ŞUBAT 2023 70 The major QTLs were distributed across many chromo- somes and partly clustered in similar chromosomal regions (Figure 2 and Figure 3). QTLs were identified on chromosomes 1A, 2A, 4A, 5A, 7A, 1B, 3B, 4B, 5B, 6B, 7B, 1D, 4D, 6D, and 7D with a relatively similar distribution on the A and B genomes, whereas only 12% of the identified QTLs were located on the D genome. A higher number of proteins seemed to be af- fected by the major QTLs on chromosomes 1A, 2A, 1B, and 3B. Interestingly, some QTLs for different proteins were identified at almost the same genomic position (Figure 3). For instance, on chromosome 5A, the QTLs for prot085 and prot141, both ß-amylases according to the UniProt database, had the same chromosomal and physical position. Similarly, the QTLs for prot171 and prot179 had the same physical position on chro- mosome 3B, but according to the various protein annotation databases available, it is not yet clear whether these proteins belong to the same family. To design easy-to-use markers for breeding, we have summarized the SNP, genomic position, and sequence information of all identified 54 QTLs. We further investigated the allele frequencies of QTLs as- sociated with these eleven proteins (Figure 4). For prot008, prot017, prot066, and prot235, allele frequencies of their QTLs were found to be around 0.5. In contrast, for the QTLs of the other seven proteins, allele frequencies tended to a considerably higher frequency of one allele. Interestingly, for five of these seven proteins, the QTLs alleles increasing protein abundance were more frequent. As the wheat culti- vars used in this study were released in different decades of the last century, we grouped them accordingly to visualize potential selection trends by wheat breeders. For four pro- teins, we observed shifts in QTLs allele frequencies across the decades of breeding. Başlıca QTL’ler birçok kromozoma dağılmış ve kısmen benzer kromozomal bölgelerde kümelenmiştir (Şekil 2 ve Şekil 3). QTL’ler A ve B genomlarında nispeten benzer bir dağılımla 1A, 2A, 4A, 5A, 7A, 1B, 3B, 4B, 5B, 6B, 7B, 1D, 4D, 6D ve 7D kromozomlarında tanımlanırken, tanımlanan QTL’lerin yalnızca %12’si D genomunda yer almıştır. Daha fazla sayıda proteinin 1A, 2A, 1B ve 3B kromozomları üze- rindeki başlıca QTL’lerden etkilendiği görülmüştür. İlginç bir şekilde, farklı proteinler için bazı QTL’ler neredeyse aynı genomik konumda tanımlanmıştır (Şekil 3). Örneğin, kromozom 5A üzerinde, UniProt veri tabanına göre her ikisi de ß-amilaz olan prot085 ve prot141 için QTL’ler aynı kromozomal ve fiziksel konuma sahipti. Benzer şekilde, prot171 ve prot179 için QTL’ler kromozom 3B üzerinde aynı fiziksel konuma sahipti, ancak mevcut çeşitli prote- in ek açıklama veri tabanlarına göre, bu proteinlerin aynı aileye ait olup olmadığı henüz net değildir. Islah için kul- lanımı kolay belirteçler tasarlamak amacıyla, tanımlanan tüm 54 QTL’nin SNP, genomik konum ve dizi bilgilerini özetledik. Bu on bir proteinle ilişkili QTL’lerin alel frekanslarını da araştırdık (Şekil 4). prot008, prot017, prot066 ve prot235 için QTL’lerinin alel frekansları yaklaşık 0,5 olarak bulun- muştur. Buna karşılık, diğer yedi proteinin QTL’leri için alel frekansları, bir alelin oldukça yüksek frekansına eğilim gös- termiştir. İlginç bir şekilde, bu yedi proteinden beşi için, pro- tein bolluğunu artıran QTL alelleri daha sıktı. Bu çalışmada kullanılan buğday çeşitleri geçen yüzyılın farklı on yıllarında piyasaya sürüldüğünden, buğday yetiştiricileri tarafından potansiyel seçim eğilimlerini görselleştirmek için bunları buna göre gruplandırdık. Dört protein için, QTL alel fre- kanslarında on yıllar boyunca değişimler gözlemledik. Table 1. QTLs controlling two gluten proteins, four non-gluten allergenic proteins and five gluten proteins, which were also listed as allergens in Allergome database; identified in this study (HMW = High molecular weight; LMW = Low molecular weight; LTP = Lipid transfer protein). Tablo 1. Bu çalışmada tanımlanan iki gluten proteini, dört gluten dışı alerjenik protein ve Allergome veri tabanında alerjen olarak da listelenen beş gluten prote- inini kontrol eden QTL’ler (HMW = Yüksek moleküler ağırlık; LMW = Düşük moleküler ağırlık; LTP = Lipid transfer proteini). SPECIAL COVER • ÖZEL DOSYA