BBM Magazine Issue-Sayı: 61 February - Şubat 2023

BBM • FEBRUARY - ŞUBAT 2023 71 Finally, we investigated the chromosomal regions harbor- ing the QTLs of the 11 proteins in detail. For these regions, we extracted high confidence (HC) genes from the bread wheat reference genome (IWGSC RefSeq v2.1) and evalu- ated these as potential candidate genes with functional an- notations in the Pfam and InterPro databases similar to the different domains of gluten and allergenic proteins. Eight, five, and twenty-two potential candidate genes were identi- fied in the QTLs target regions associated with gluten pro- teins (prot051 and prot104), allergens and gluten (prot017, prot028, prot139 and prot203), and non-gluten allergens (prot189, prot235), respectively. No potential candidate genes could be identified for the QTLs detected for the prot066, prot008, and prot288. MAJOR QTLS IDENTIFIED FOR 54 PROTEINS Implementing a GWAS using statistically conservative Bon- ferroni-corrected significance threshold, we identified major Son olarak, 11 proteinin QTL’lerini barındıran kromozomal bölgeleri ayrıntılı olarak araştırdık. Bu bölgeler için, ekmeklik buğday referans genomundan (IWGSC RefSeq v2.1) yüksek güvenirlikli (HC) genler çıkardık ve bunları Pfam ve InterP- ro veri tabanlarında gluten ve alerjenik proteinlerin farklı alanlarına benzer fonksiyonel ek açıklamalara sahip potan- siyel aday genler olarak değerlendirdik. Gluten proteinleri (prot051 ve prot104), alerjenler ve gluten (prot017, prot028, prot139 ve prot203) ve gluten dışı alerjenler (prot189, prot235) ile ilişkili QTL hedef bölgelerinde sırasıyla sekiz, beş ve yirmi iki potansiyel aday gen tanımlanmıştır. Prot066, prot008 ve prot288 için tespit edilen QTL’ler için hiçbir po- tansiyel aday gen tanımlanamamıştır. TOPLAM 54 PROTEIN IÇIN BELIRLENEN BAŞLICA QTL’LER İstatistiksel olarak muhafazakar Bonferroni düzeltmeli anlamlılık eşiği kullanarak bir GWAS uygulayarak, 114 pro- Figure 3. Chromosome map showing the distribution of 54 QTLs with their respective protein name and physical position (Mbp). For a detailed investigation of wheat flour proteins, we focused on the eleven proteins associated with gluten and potential allergenicity based on UniProt and InterPro databases (Table 1). Five of the seven gluten proteins were also present in the Allergome database . We assigned these eleven proteins to the following groups: gluten, gluten and allergen, and non-gluten allergen. Using the UniProt database, we were able to name eight of these eleven proteins, including proteins important for baking quality such as HMW-GS Dx5 and LMW Glu-A3. QTLs for two lipid transfer proteins could be identified, but not for other known, potentially allergenic wheat proteins such as ATIs or serpins. Şekil 3 . İlgili protein adı ve fiziksel konumu (Mbp) ile 54 QTL'nin dağılımını gösteren kromozom haritası. Buğday unu proteinlerinin detaylı bir incelemesi için UniP- rot ve InterPro veri tabanlarına dayalı olarak gluten ve potansiyel alerjenite ile ilişkili on bir proteine odaklandık (Tablo 1). Yedi gluten proteininden beşi Allergome veritabanında da mevcuttu. Bu on bir proteini şu gruplara atadık: glüten, glüten ve alerjen ve glüten olmayan alerjen. UniProt veri tabanını kullanarak, HMW-GS Dx5 ve LMW Glu-A3 gibi pişirme kalitesi için önemli proteinler de dahil olmak üzere bu on bir proteinden sekizini adlandırabildik. İki lipid transfer proteini için QTL’ler tanımlanabildi, ancak ATI’ler veya serpinler gibi bilinen diğer potansiyel alerjenik buğday proteinleri için tanımlanamadı. SPECIAL COVER • ÖZEL DOSYA